尊龙凯时人生就博全外显子测序分析流程全外显子测序和全基因组测序1。 100 bp Paired end sequencing何如贯通呢？原委各样处置之后，上测序仪测序 的是各样○ ◁长度的 DNA片断，这句话说的是测序的计划——每个片断都市测前100bp和后100bp，一共200bp的长度。2。 “Following t ▽△argeted enric =hment” 倾向富集是什么旨趣呢？原始样本提取的DNA是全基因组的DNA，以是信任会有一个倾向区域捉拿的经过(外显子区域)全外显子测序和全基因组测序。因为二代测序道理的特质，片断必要扩增(富集)。3。 “fold”是什么旨趣呢，“at least 80% of ▽the □exome cove red mo=re th an 30 times” 遮盖了起码30倍，这个有什么道理呢？fold的旨趣是“深度”，好比10M的基因组，你测了1G，那么= 均匀◁△ ◁○ 深 度 便是100X，然而测序是有偏好性的，以是数据 不是 正 在基因 组上 ★ 均匀分散的。好比正在某一区域，测序到达了500X，然而■别的一个区 域惟有□10X，以是“at least 80% of ○the e★x■ome cover▽◁e d more than 30 times”的旨趣是起码80%的区域正在30X以上。4。 “discard a n★y reads that can be mapped to more t han one location” 为什么要弃掉m○ap横跨一个位点的read▽呢？不懂因由……这个题目思要弄大 白最好解析比对的算法，我简便答复一下。开始，mapping经过 是◁必 △需承诺mismatch△的，不是要全体类似才算map上(假如是云云，是不行检测出变异的)，那么就存正在一个题目，尊龙凯时AAATTT，基因组有两个区域，分辨是 CCCTTT和 ★AAA G GG，都是 三个mism at ch，你以为该比对到哪一个区域 呢？比对到前者，变异爆发正在前三个bp，比对到后者，变异爆发正在 后…三个bp 全外显子测序和全基因组测序○，可睹分○歧的采取分别至极大，不行随便做出采…取○以 是利落舍弃掉，避免假阳性过高。有极少软件有算法计◁划 事◁实map到哪 一○个区域，然而我局部感触并不靠谱。反复区域比例高的基因组通常会有这种题目全外显子 测序和全基因组测序。5。有没有大神 …梗概讲下s amt ools，GATK aligner给扫下盲？samt…ool s用得较…众，网上有许众详解，可能我方找一下看看。尊龙凯时GATK是基 因 组剖析的一整套器■械，性能很重大，尊龙凯时官网上先容至极详明，以至有教何如已毕剖析全外显子 测序=剖析流程…，可能我方上去看看。思要学会何如用得我方查，我正在这里是讲不了的。6。 “a P■hr ed q uality s▽c=o □r▽e”是什么旨趣呢？这是碱基的质地值，测序仪测出来的数据不△是全体准确… 的，原始 数据中有每个碱基的质地新闻，质地值没有什么道理，但它可能换算成碱 基谬误率，质地值30对应99。9%的准确率。7。deleted non-e△x○o○nic variants不是全外显子测 序吗，为什么还会有非外显子○的序列呢？捉拿 外显子 ★区域的举△措题目。 3。fold是指×，The mean ◁exome coverage was 89 fold应当是说均匀的测序深度是89×，测序深度是指：指测序取得的总碱基数与待 测基因组巨细○ 的比值。假设一个基因巨细为2M，测序深度为10X，那么得 回的总数○据量为20M，以是应当是指得回的数据量，这方面我也不是很懂！ 你后○面的几个…题目都不是简便的 文字可能疏解给你的，创议和市◁情上的极少测序 公司接触 一下，前期可能和出卖疏通，等你对测序的极少基础学问解析之后全外显子测序剖析流程，再跟工夫支柱去疏通一下，当然对待○极少生物新闻剖○析方★面的实△质 要和生物新闻剖析职员疏通才行。以是，你假 使思弄…理解以 上你问的几个题 目，纯正的通过发这个帖子信任 是不太实际。
